<div dir="ltr"><div>Hi Andreas,<br><br></div><div>I agree with you that forking the project is a bad idea. I&#39;ll tell Seg3D maintainers that I step back from packaging it, at least until we can think of a good way to handle the dependencies.<br>

<br></div><div>It&#39;s a pity, because I still think that Seg3d is a nice software and a much needed one to easy create segmentations. I&#39;ll concentrate next on itksnap instead (<a href="http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php">http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php</a>) and look at debian&#39;s patches once more :)<br>

<br></div><div>Thanks for the kind response,<br><br></div><div>Best,<br><br></div><div>Mario<br><br></div><div>PS: Should you get in touch with Seg3d maintainers and they be willing to change their policy, please tell me so I can resume packaging.<br>

<br></div><div>PPS: If anyone is curious, Fedora&#39;s package guidelines are available here (<a href="http://fedoraproject.org/wiki/Packaging:Guidelines">http://fedoraproject.org/wiki/Packaging:Guidelines</a>)<br></div>
<div>
</div><br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 23 May 2013 17:34, Andreas Tille <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">[Debian Med list in CC for further wisdom hints]<br>
<br>
Hi Mario,<br>
<br>
(I guess I should have read this before I have written my previous<br>
answer.)  As a general answer there exists a so called Upstream Guide<br>
in the Wiki<br>
<br>
   <a href="http://wiki.debian.org/UpstreamGuide" target="_blank">http://wiki.debian.org/UpstreamGuide</a><br>
<br>
IMHO everything written there should also apply for Fedora.  I&#39;m<br>
personally astonished that the topic of bundled libraries is not (yet)<br>
mentioned there.  I&#39;ll suggest the authors of this guide to include this<br>
topic.<br>
<div class="im"><br>
On Wed, May 22, 2013 at 01:15:33PM +0200, Mario Ceresa wrote:<br>
&gt; Dear all,<br>
&gt; I had an interesting talk with Seg3D mantainers on the possibility to<br>
&gt; accept patches to build against system version of the many bundled libs.<br>
&gt; However, as you can see from the forwarded mails, they seem not willing to<br>
&gt; help with that nor to accept any related patches. I&#39;m not sure what to do<br>
&gt; here: shall I package it regardless? I fear I&#39;ll end up mantaining a fork<br>
&gt; of the program...<br>
&gt;<br>
&gt; What would you suggest here?<br>
<br>
</div>I admit that&#39;s a pretty bad situation.  We just have some packages where<br>
upstream includes third party software and we were not lucky enough to<br>
convince them about droping it (even if constantly talking to them for<br>
every new version).  However, I do not remember any case where really<br>
widely used, large projects like boost or itk are affected by this<br>
problem.  That&#39;s really bad and I admit I do not have a reasonable<br>
answer to this.  For the moment I would regard this as a show stopper<br>
and move to another package on your list.<br>
<br>
I personally would not consider to maintain a clean fork if this is more<br>
than say up to ten easily maintainable / automatically generatable<br>
patches.  Finally your version will be way less tested and once users<br>
might learn that &quot;the Fedora packages of medical imaging are broken&quot;<br>
(yes, they might do this generalisation even if this is not true) this<br>
might affect your whole project.<br>
<br>
We might like to do another try from Debian Med side.  Perhaps upstream<br>
might start thinking about it if two major distributions will not<br>
consider something that would be in their interest ...<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
       Andreas.<br>
<div class="im"><br>
&gt; ---------- Forwarded message ----------<br>
&gt; From: Ayla Khan &lt;<a href="mailto:ayla@sci.utah.edu">ayla@sci.utah.edu</a>&gt;<br>
&gt; Date: 22 May 2013 07:09<br>
</div><div><div class="h5">&gt; Subject: [Seg3D] Re: Packaging seg3d for Fedora - Problem with<br>
&gt; boost::mutex<br>
&gt; To: <a href="mailto:seg3d@sci.utah.edu">seg3d@sci.utah.edu</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Hi Mario,<br>
&gt;<br>
&gt; Many of the libraries we include with Seg3D have been modified, even if the<br>
&gt; modifications are as basic as replacing their default builds with CMake and<br>
&gt; doing some symbol mangling to make libraries play well with ITK. Our Boost<br>
&gt; distribution includes a project from the Boost sandbox that will not be<br>
&gt; available in a generic distribution. ITK has been customized as well.<br>
&gt;<br>
&gt; Including specific versions of third-party libraries allows us to maintain<br>
&gt; stable Seg3D builds across multiple platforms (Windows, Mac OSX and<br>
&gt; different Linux distributions) with the least amount of effort for SCI<br>
&gt; developers. We are also tightly coupled to Boost, ITK and Teem, so it is<br>
&gt; preferable from our point of view to build against versions that we control.<br>
&gt;<br>
&gt; Having a binary distribution for Fedora would be helpful - it&#39;s certainly<br>
&gt; been a good thing for our Windows and OS X users, however keeping our<br>
&gt; dependencies uniform across supported platforms has eliminated many of the<br>
&gt; deployment headaches we used to have in the past.<br>
&gt;<br>
&gt; Ayla<br>
&gt;<br>
&gt; On May 7, 2013, at 3:27 AM, Mario Ceresa wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Thanks Dan and Ayla for your prompt response! When do you plan to release<br>
&gt; 2.1.5?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; As for the 3rd party libs, unfortunately, Fedora has a strict policy<br>
&gt; &gt; of not bundled and not static libs:<br>
&gt; &gt; <a href="https://fedoraproject.org/wiki/Packaging:No_Bundled_Libraries" target="_blank">https://fedoraproject.org/wiki/Packaging:No_Bundled_Libraries</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; <a href="https://fedoraproject.org/wiki/Packaging:Guidelines#Packaging_Static_Libraries" target="_blank">https://fedoraproject.org/wiki/Packaging:Guidelines#Packaging_Static_Libraries</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; The only exceptions granted are usually for libraries that are heavily<br>
&gt; &gt; modified. Does any of the 3rd party libs in &quot;external&quot; meet this?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Including seg3d in a distribution like Fedora it is usually a positive<br>
&gt; &gt; force: it means a large user base, continuous feedback, builds ready<br>
&gt; &gt; available for x86, arm and ppc archs, access to last releases of all<br>
&gt; &gt; libs, prompt bug reports and many submitted patches. It also relieves<br>
&gt; &gt; you part of the burden to assist users with bugs: package maintainers<br>
&gt; &gt; will usually catch them up early and report to you, sometimes along<br>
&gt; &gt; with a proposed fix. Thus you can concentrate more on working on your<br>
&gt; &gt; software instead of all the maintenance tasks.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; You can think about it as an investment :).<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; However, it needs a bit of involvement by your side because I cannot<br>
&gt; &gt; maintain a complete fork of seg3d.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; In the end I don&#39;t think the process is so complicated: we just need<br>
&gt; &gt; to ensure we can choose at build time whether to link seg3d with the<br>
&gt; &gt; included static libs or against system wide ones. I can send a patch<br>
&gt; &gt; for this, if you are willing to review it. Then, if any<br>
&gt; &gt; bugs/regression arises, we will work towards a fix.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I do hope that this would be the beginning of a long joint collaboration!<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; With best regards,<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Mario<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On 7 May 2013 07:07, Ayla Khan &lt;<a href="mailto:ayla@sci.utah.edu">ayla@sci.utah.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt;&gt; Hi Mario,<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; You should check out the 2.1.5 release branch (<br>
&gt; <a href="https://code.sci.utah.edu/svn/seg3d2/branches/2.1.5" target="_blank">https://code.sci.utah.edu/svn/seg3d2/branches/2.1.5</a>), or wait until I merge<br>
&gt; the updates from the 2.1.5 release candidate back to the trunk once the<br>
&gt; release is done. We&#39;re currently targeting a modified Boost 1.53.0 library<br>
&gt; (see the Modifications.txt file in the src/Externals/boost directory). Keep<br>
&gt; in mind that Seg3D is designed to work with statically linked libraries<br>
&gt; built from the third-party dependencies that we include with it&#39;s sources<br>
&gt; and does not support the use of other versions. I would strongly recommend<br>
&gt; using our libraries and then attempting to work with Fedora&#39;s Qt system<br>
&gt; libraries.<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; Ayla<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; On May 6, 2013, at 12:42 PM, Dan White wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Here is the fix for that error from our svn branch. Ayla can provide<br>
&gt; more info, since it looks like there were multiple boost-upgrade-related<br>
&gt; Seg3d2 source compiler fixes in addition to this one.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; <a href="https://gforge.sci.utah.edu/gf/project/seg3d2/scmsvn/?action=browse&amp;path=%2F&amp;view=rev&amp;root=seg3d2&amp;revision=1834" target="_blank">https://gforge.sci.utah.edu/gf/project/seg3d2/scmsvn/?action=browse&amp;path=%2F&amp;view=rev&amp;root=seg3d2&amp;revision=1834</a><br>


&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; On 5/6/2013 5:44 AM, Mario Ceresa wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Hi all,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; first of all, thank you for your work on seg3d: it&#39;s really a nice<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; software and helps a lot for image segmentation!<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I would like to package it for fedora, however, I have several build<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; problems. Once is especially difficult for me to figure out and I&#39;d<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; appreciate some help.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I have a:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; * no matching function for call to<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; ‘boost::shared_lock&lt;boost::shared_mutex&gt;::swap(Core::MaskDataBlock::shared_lock_type)<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; in Application/Filters/Actions/ActionAndFilter.cc:149. I past the full<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; compiler error:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; * <a href="http://ur1.ca/dpo7o" target="_blank">http://ur1.ca/dpo7o</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; You can find in github a fork of the code with some of the changes so<br>
&gt; far:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; * <a href="https://github.com/mrceresa/seg3d2" target="_blank">https://github.com/mrceresa/seg3d2</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; They are almost only in the cmake build system to enable use of Fedora<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; system-wide libs such as:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; * boost 1.50<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; * gdcm 2.0.18<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; * ITK 4.3.1<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Which is required for packaging.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; This was the cmake build line:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; ccmake ../seg3d2 -DCMAKE_CXX_FLAGS=&quot;-fpermissive&quot;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON -DBUILD_WITH_PYTHON=OFF<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Thanks for your attention and best regards,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Mario Ceresa<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
<br>
</div></div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Medical-sig mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Medical-sig@lists.fedorahosted.org">Medical-sig@lists.fedorahosted.org</a><br>
&gt; <a href="https://lists.fedorahosted.org/mailman/listinfo/medical-sig" target="_blank">https://lists.fedorahosted.org/mailman/listinfo/medical-sig</a><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
_______________________________________________<br>
Medical-sig mailing list<br>
<a href="mailto:Medical-sig@lists.fedorahosted.org">Medical-sig@lists.fedorahosted.org</a><br>
<a href="https://lists.fedorahosted.org/mailman/listinfo/medical-sig" target="_blank">https://lists.fedorahosted.org/mailman/listinfo/medical-sig</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>