<div dir="ltr"><div><div>Thanks, Andreas, for you mail. <br><br>Sorry if I answer only now: indeed collaboration between the two medical groups is very welcome: I personally have studied/ported Debian&#39;s patches in a number of cases :)<br>

<br></div>The wiki page is more like a roadmap for me than a list of packaged medical software. How do you plan to automatically generate the pages in Debian? Maybe we have a list of packages by group somewhere and I don&#39;t know?<br>

<br></div>On another side, I had some news from Seg3D mantainers on  packaging issues, but I&#39;m not sure if they are willing to accept patches related to that (I sent a separate mail to the list for that), so I&#39;m a bit puzzled... What do you usually do in Debian in these situations?<br>

<br>Thanks and regards,<br><br>Mario<br><div><div><br><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 16 May 2013 11:07, Andreas Tille <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:andreas@an3as.eu" target="_blank">andreas@an3as.eu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Mario,<br>
<br>
nice to hear about this success in Fedora medical SIG<br>
<div class="im"><br>
On Tue, May 14, 2013 at 12:24:08PM +0200, Mario Ceresa wrote:<br>
&gt; Dear all,<br>
&gt; several important changes happened recently in fedora medical. The<br>
&gt; following packages were added:<br>
&gt;<br>
&gt; * InsightToolkit (ITK)- Kitware flagship medical image analysis library<br>
&gt; * Orthanc - Lightweight PACS<br>
&gt; * octave-dicom - Dicom package for octave<br>
&gt; * gdcm bumped up to last release<br>
&gt;<br>
&gt; Especially ITK was a big jump after almost 4 years of review! It now<br>
&gt; unblocks a wide range of medical imaging software such as:<br>
&gt;<br>
&gt; * elastix - image registration<br>
&gt; * GinkoCAD - DICOM viewer<br>
&gt; * ITKSnap - Segmentation<br>
</div><div class="im">&gt; * vmtk - Vascular modeling kit<br>
<br>
</div>Feel free to have a look into the available Debian packaging if this<br>
might be helpful.  (I like to repeat the hint that you can find all<br>
medical imaging related applications in Debian here[1] while tools to<br>
develop medical imaging applications are listed here[2].)<br>
<div class="im"><br>
&gt; * Seg3D 2 - Segmentation<br>
</div><div class="im">&gt; * msvtk - Multi-scale visualization toolkit<br>
<br>
</div>These are good hints also for Debian.  We should put these on our todo<br>
list.<br>
<div><div class="h5"><br>
&gt; On another side, Orthanc enables Fedora to act as a PACS to interchange<br>
&gt; dicom images between several peers.<br>
&gt;<br>
&gt; I think it would be nice to concentrate now in having a working and<br>
&gt; integrated dicom viewer (GinkoCAD) and segmentation program (Seg3D2 or<br>
&gt; ITKSnap).<br>
&gt;<br>
&gt; Maybe, with some effort, we might even propose three features for one of<br>
&gt; the next fedora releases:<br>
&gt;<br>
&gt; * &quot;medical image platform clinic&quot; which would include:<br>
&gt; a) improved dicom compatilibity (already done with dcmtk, gdcm,<br>
&gt; octave-dicom)<br>
&gt; b) pacs support (orthanc, already done) + GinkoCAD<br>
&gt; c) InsightToolkit (already done)<br>
&gt; d) segmentation tools (ITKSnap + Seg3d 2)<br>
&gt;<br>
&gt; * &quot;medical image platform research&quot; which would include:<br>
&gt; a) 3D slicer<br>
&gt; b) registration tools (elastix + ants)<br>
&gt; c) statistical shape models (statismo + shapeworks)<br>
&gt; d) vascular analysis (vmtk)<br>
&gt; e) guided surgery (openigtlink, already done + IGSTK)<br>
&gt;<br>
&gt; * &quot;biomechanical platform&quot; which would include:<br>
&gt; a) Meshing (Biomesh3d, cleaver, stellar)<br>
&gt; b) FEM code (Elmer, Kratos, OpenPalm, OpenFOAM)<br>
&gt; c) Salome modeler<br>
&gt;<br>
&gt; An updated page with current status of all these packages is:<br>
&gt; <a href="https://fedoraproject.org/wiki/Medical_Imaging" target="_blank">https://fedoraproject.org/wiki/Medical_Imaging</a><br>
<br>
</div></div>Remark: In Debian Med (and other Blends - SIGs in Fedora jargon) we<br>
realised that keeping Wiki pages up to date costs some effort.  So we<br>
found a solution to render these pages (like [1] or [2]) automatically.<br>
We are currently trying to improve this in a GSoC project.  May be you<br>
might consider doing something similar in next years GSoC?<br>
<div class="im"><br>
&gt; Probably some of those packages are already included in Debian/Ubuntu and<br>
&gt; we can contact our fellow packagers for help with patches.<br>
<br>
</div>Ahh - I was inline answering.  Now reading this I think this question<br>
was answered above and I&#39;d be happy to help in case of questions.<br>
<div class="im"><br>
&gt; Is there anyone interested in all of this?<br>
<br>
</div>I&#39;m definitely interested (even if I do not use Fedora, sorry).<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
       Andreas.<br>
<br>
[1] <a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/imaging" target="_blank">http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/imaging</a><br>
[2] <a href="http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/imaging-dev" target="_blank">http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/imaging-dev</a><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
<a href="http://fam-tille.de" target="_blank">http://fam-tille.de</a><br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
Medical-sig mailing list<br>
<a href="mailto:Medical-sig@lists.fedorahosted.org">Medical-sig@lists.fedorahosted.org</a><br>
<a href="https://lists.fedorahosted.org/mailman/listinfo/medical-sig" target="_blank">https://lists.fedorahosted.org/mailman/listinfo/medical-sig</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>