Você instalou o driver da nvidia pelo site da nvidia e depois tentou instalar o pacote do bumblebee, correto?
Se você fez isso, quebrou o Mesa3D.
Além disso, os caminhos para o driver da nvidia são diferentes no pacotão para o bumblebee.
As modificações dos caminhos foram feitas para permitir o convívio das duas controladoras.
1. Primeiro remova o driver da nvidia instalado do site.
2. Instale o bumblebee e o nvidia do repositório do bumblebee.
3. Depois reinicie a máquina desligando-a*.
4. Vá até o diretório do bumblebee, e configure para deixar a GPU sempre em stand-by, depois do uso.
*Quando o bumblebee coloca a GPU em stand-by, ela pode não ser detectada num reboot. Desligar a máquina garante a detecção.